El colombiano, el cual no ha gozado de continuidad en el Atlético San Luis de México, fue declarado transferible.
El ex capitán de Millonarios no logró afianzarse en el actual equipo comandado por Marcelo Méndez. Duque llegó al fútbol mexicano con muy buenos números tras lo realizado en Millonarios: 137 partidos, 2 goles, 2 títulos. Duque, el cual en su tiempo era pretendido por Boca Juniors y Botafogo de Brasil, terminó fichando por el Atlético San Luis de México, equipo recién ascendido a la Liga Mx y propiedad del Atlético de Madrid.
Tras el fichaje, Duque ha perdido minutos de juego. Para la temporada 2020/21, el mediocampista disputó 6 partidos como titular, en los cuales salió sustituido en 3 ocasiones. Caso no muy diferente para la temporada 2021/22, en el cual ha jugado 9 ocasiones, saliendo en 6 desde el banco de suplentes para cerrar el partido.
La falta de continuidad también ha afectado su valor en el mercado de fichajes. De acuerdo al portal alemán, Transfermarkt, Duque pasó de costar 1,2 millones de euros en febrero de 2020 a costar 700.000 euros en octubre de 2021.
El único gol de Duque en la temporada lo anotó en la bochornosa derrota por 2-6 el 24 de octubre del presente año ante Atlas. Curiosamente, un técnico ex Millonarios, Diego Cocca, comandó aquella goleada, en la cual también estuvo Camilo Vargas, quien defendió el pórtico de Atlas.
Duque descontó al minuto 79 del partido tras un centro al área el cual conectó de cabeza, dejando sin posibilidades a Camilo Vargas de reaccionar.
Atlético San Luis finalizó su participación por el año 2021 luego de quedar eliminado del repechaje de la liguilla. Hoy en día tiene nuevos pretendientes, esta vez dentro del fútbol mexicano: Pumas UNAM y Pachuca. Pumas llegó hasta las semifinales de la presente edición de la Liga MX tras haber dejado en el camino al América, sin embargo, cayó eliminado ante Atlas luego de empatar 1-1 y sentenciar su salida tras finalizar undécimos en el campeonato regular antes de los play-offs.
La operación tanto con Pumas como con Pachuca se estaría planteando mediante un canje de jugadores. Si Duque llega a Pumas, San Luis intentará recibir a cambio a Jorge Hernández, mediocampista mexicano. Mientras que si ficha por Pachuca, intentarían conseguir a otro jugador ex Millonarios: Santiago Mosquera.
